MICROSOFT contribuye con su software a agilizar LA INVESTIGACIÓN sobre la vacuna contra EL SIDA

Tras dos años de trabajo pionero y colaboración en la investigación sobre el SIDA, Microsoft comparte abierta y gratuitamente el código fuente de cuatro herramientas de software con la comunidad científica.

Microsoft ha realizado una importante contribución a la comunidad global de investigadores centrados en la creación de una vacuna contra el Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA). La compañía ha puesto a disposición de esta comunidad, de forma libre y sin coste alguno, el código fuente de cuatro herramientas de software desarrolladas por el grupo de investigación de Microsoft, llamado Microsoft Research. Se ha comprobado que estas herramientas son de gran ayuda para la búsqueda de los factores que llevarán a una vacuna efectiva contra una enfermedad que provoca unas 10.000 muertes diarias en todo el mundo.
El código fuente de las herramientas está disponible para su descarga gratuita desde CodePlex (http://www.codeplex.com/), un portal online creado en 2006 por Microsoft para fomentar proyectos de desarrollo de software en colaboración y albergar código fuente compartido, como parte de su iniciativa Shared Source.

Los investigadores podrán no sólo tomar libremente estas herramientas, sino que también podrán modificarlas e innovar sobre ellas. Con esta iniciativa, Microsoft quiere mostrar que las Tecnologías de la Información tienen un papel crucial en la investigación científica, como muestra esta aplicación del software a una crisis sanitaria mundial de la dimensión del SIDA. De hecho, numerosas instituciones e investigadores ya han hecho uso de estas herramientas. Es el caso, por ejemplo, del Instituto de Inmunología y Enfermedades Infecciosas de la Universidad de Perth (Australia), que ha examinado secuencias de VIH e información genética de miles de pacientes en todo el mundo junto a Microsoft Research para descubrir cuáles son los elementos más importantes para incluirlos en la vacuna.
David Heckerman, uno de los investigadores de Microsoft Research volcado en el trabajo para la vacuna, señala que hoy existen buenos tratamientos farmacológicos para combatir la pandemia del SIDA, lo que permite a las personas que contraen la enfermedad llevar una vida bastante normal. Pero las actuales medicinas anti-víricas son caras y, si una persona deja de tomar las dosis, el virus que provoca el SIDA es imparable. Esto hace que los fármacos no sean una solución efectiva, por ejemplo y claramente, para países en vías de desarrollo, y de ahí el gran interés por una vacuna.
Los investigadores de Microsoft comenzaron su trabajo pionero en investigación contra el SIDA en febrero de 2005, tras descubrir que su tecnología de Aprendizaje de Máquinas (que permite que las máquinas “aprendan”) tenía aplicaciones relevantes en la investigación sobre vacunas. Las técnicas de aprendizaje de las máquinas son utilizadas para revisar miles de variantes de un virus de inmunodeficiencia humana (VIH) –el virus que causa el SIDA-, con el objetivo de encontrar los patrones genéticos necesarios que “enseñen” al sistema inmunológico de un paciente a luchar contra el virus.
Los más de dos años de investigación transcurridos desde entonces han implicado a cerca de una docena de investigadores de Microsoft, además de una estrecha colaboración con doctores, científicos y otros investigadores del VIH en el mundo.
Las herramientas permiten a los desarrolladores examinar información genética viral e inmunológica extremadamente compleja a partir de una población de personas infectadas, para precisar las series clave de unos aminoácidos llamados epítopes que deben estar presentes en una vacuna para que sea efectiva.
Como explica David Heckerman, las herramientas de Microsoft ayudarán a determinar si nuestro sistema inmune celular es efectivo a la hora de combatir el VIH, algo que hasta el momento ha sido motivo de controversia.
PhyloD: Se trata de una herramienta estadística que busca correlaciones entre el sistema antígeno leucocitario humano (HLA) de una persona –una parte fundamental del sistema inmune celular del cuerpo- y el virus que infectó a esa persona. En este caso, el virus es el VIH, pero los investigadores de Microsoft señalan que PhyloD también tiene implicaciones para el estudio del diseño de vacunas para otras enfermedades provocadas por virus de rápida mutación, como la Hepatitis C. PhlyloD trata de identificar mutaciones del VIH que anulan la función de las proteínas HLA en ciertos pacientes, permitiendo por tanto al virus escapar de la eliminación del sistema inmunológico. Aplicando esta herramienta a estudios de gran alcance de pacientes infectados, los investigadores pueden comenzar a descodificar las complejas reglas que gobiernan las mutaciones del VIH.
Epitope Prediction: Una herramienta que utiliza un método de Aprendizaje de Máquinas relacionado con la tecnología de filtrado de spam de Microsoft para escanear proteínas HLA en busca de epítopes.
HLA Assignment: Persigue encontrar epítopes de forma más precisa, teniendo en cuenta las pruebas biológicas externas. Esta herramienta toma datos de laboratorio de una serie de pacientes y ayuda a entender qué proteínas HLA son responsables de la reacción.
HLA Completion: Ayuda a los científicos a rentabilizar al máximo la inversión en una investigación, al permitir definir tipos de HLA del sistema inmune de una forma muy precisa, un proceso que en un laboratorio es muy caro y la mayoría de los investigadores del VIH no pueden permitírselo, y esa información puede ser vital en la investigación del diseño de la vacuna.
Otras herramientas en las que se está trabajando permitirán, por ejemplo, hacer un seguimiento de la evolución del VIH en los individuos con el paso del tiempo.
David Heckerman afirma que los análisis estadísticos generados por estas herramientas permitirán a los investigadores del SIDA formular de forma más óptima hipótesis sobre la evolución del VIH, la vulnerabilidad del virus a nuestro sistema inmunológico y dónde pueden estar los epítopes del VIH. Unida, esta información ayudará a los investigadores a crear la vacuna del VIH.
Las cuatro herramientas desarrolladas por Microsoft Research y sus colaboradores pueden ser utilizadas por los científicos de tres formas: descargando los programas y ejecutándolos en sus propios ordenadores con una funcionalidad completa; o descargando el código fuente, lo que permite a los científicos modificar el código y crear aplicaciones a medida que se adapten a sus necesidades de investigación concretas. Asimismo, Microsoft ha colgado las herramientas en su web corporativa, Microsoft.com. Se puede acceder a ellas sin cargo como si se tratase de servicios Web, con una funcionalidad levemente más reducida, pero con la comodidad de poder utilizarlas sin descargar ningún software.